在设计高铁香港段的走线时，港铁公司曾考虑多个不同的方案，考虑因素包括走线的技术要求、行车运作、安全、地质、土地需求、对社区影响及内地的接驳位等。由于高铁香港段以隧道行车，因此建造铁路隧道时，需要收回或暂时占用沿线私人地段部分地层。

• 市区段

  高铁隧道途经连翔道、海泓道、大角咀区和深旺道后，经荔枝角交汇处进入金山。
  
  整个西九龙属已发展区，市区段走线的主要考虑是尽量减低在建造及营运时对各社区、交通及现存基建及楼宇的影响，尽量减少收回私人土地及地层。因此，隧道走线将途经两节现存道路（即深旺道及海泓道）之下的空间，以减低建造时对各社区的滋扰。为连接这两节隧道，高铁香港段隧道须穿越大角咀区地底。

• 新界段

  高铁走线向北进入新界后，隧道以最直接的路线穿过金山、大帽山、鸡公岭及米埔等新界中部地区，最后跨越深圳／香港分界，连接高铁内地段。
  
  在新界段的石岗，将设置紧急救援处和列车停放处。港铁公司曾就不同的地点进行研究，最终认为石岗菜园村是设置紧急救援处和列车停放处的最佳地点。
  
  石岗位处高铁香港段走线中段，在该处设紧急救援处，如发生事故时，救援队伍能迅速进入隧道。另外，该处地势较低，土地较广阔、平坦，而且已有公路接驳，可方便救援队伍工作，亦可让乘客安全离开隧道。再者，把列车停放处和紧急救援处放在一起，除能共用部分设施和配套，例如道路接驳、设施的通道、紧急车辆通道、办公和控制中心、电力及消防装置或设施等外，亦可减少征收土地，减少对附近居民和社区的影响。

  
  


高铁香港段走线图

高铁香港段全线均采用专用地下轨道，以减少对走线附近社区的影响。专用轨道的优点是既不会阻碍现有本地铁路（如机场快线、东涌线及西铁线）的服务，亦不会影响高速铁路将来的发展。

环顾全球经验，高速铁路的总站和分站一般都设在市中心。市中心一般是人口、就业、交通、经济活动密集的地方，设有理想的交通配套，连接旅客主要的出行起点和最终目的地。这样的安排对旅客来说，应是最为方便的，可吸引更多旅客乘搭高铁，发挥高铁最大的效益。

高铁内地段也倾向将车站设于市中心，以便让高速铁路充分发挥其竞争力和可观的经济效益。即使部分高铁站选址于发展及运作初期属市郊地区，有关地区一般亦会按照综合交通枢纽和市中心区或新城区来规划，并且会有不同的交通模式连接原市中心以及附近的城区或城市群，以配合日后的发展。

在香港，高铁总站以西九龙为选址，不但邻近香港大部分的商业、零售、酒店及住宅区，还可以接驳现有的铁路和道路网络。

预计在2016年，即高铁香港段通车后首年，以西九龙总站为中心，其5公里半径范围内已包括本港近三成居住人口（210万人），及接近五成工作人口（170万人）。从西九龙总站出发转乘港铁，约15分钟内便可到达全港大部分商业区（例如尖沙咀、中环等），并在约30分钟内到达全港大部分住宅区（例如太古城、沙田、荃湾及元朗等）。

高铁总站设于港铁九龙站及柯士甸站之间，高铁乘客可接驳港铁前往香港各区，方便快捷。高铁总站旁亦设有公共运输交汇处，方便高铁乘客转乘其他交通公具（包括巴士、小巴、的士等）前往目的地。

• 与西九龙文化区的协调

  高铁香港段总站邻近西九龙文化区，可以充分发挥两者的经济效益。高铁便利了交通，可吸引更多珠三角旅客到西九龙文化区参与文化艺术活动；西九龙文化区亦可为高铁带来更多的乘客，增加高铁的成本效益。两者相互配合，协调发展，将可产生协同效应，为香港经济带来更大效益。按目前的计划，高铁香港段将与西九龙文化区第一期发展于2015年同步完成。