高铁总站的主要设施将设于地底，总站设四层地下楼层，设施包括：

• 海关、出入境及检疫设施。
• 离境等候休息室。
• 旅客抵港和离港大堂。
• 地下轨道区和9个长途月台及6个短途月台。
• 免税区。
• 餐厅食肆。
• 停车场、上落客处及卸货区等。

高铁香港段总站大堂模拟图

高铁总站将设大型地面文娱广场，接通高铁总站地面楼层、九龙站、柯士甸站及西九龙文化区，为市民提供优质的公共休憩空间及舒适的步行环境。

该广场面积约8,900平方米，以大量植物绿化，并且将人流与车流分隔，连接绿化步行区、绿化平台及树林公园，及与西九龙文化区互相融合，为市民提供更多地面公共空间。

车站入口大堂一带将设有绿化的休闲通道地带，以配合大堂建筑顶部的绿化部分。

高铁香港段总站绿化广场模拟图

高铁香港段总站将发展为铁路枢纽，乘客可使用地面行人区、多条行人天桥和行人隧道，接驳港铁九龙站及柯士甸站。预计由高铁总站步行至九龙站约需8–10分钟，至柯士甸站只需约2–3分钟。这些天桥及隧道大都设有自动行人道、自动电梯和升降机，为公众提供无障碍通道。

此外，高铁总站北面将设有公共运输交汇处及旅游车停泊设施，乘客只需步行约1分钟，即可到达供不同路线使用的巴士站、小巴站及的士站。

从高铁总站转乘港铁前往各区所需时间：

• 尖沙咀

  约 5 分钟

• 中环

  约 10 分钟

• 荃湾

  约 10 分钟

• 元朗

  约 20 分钟

• 沙田

  约 25 分钟

• 东涌

  约 25 分钟

• 太古城

  约 30 分钟

• 观塘

  约 35 分钟

从高铁总站转乘路面交通前往各区所需时间：

• 观塘、将军澳

  15 至 20 分钟（待中九龙干线落成后）

• 沙田、元朗、香港国际机场

  约30分钟

高铁香港段总站行人接驳通道仿真图

当局为西九龙新发展区进行了交通研究，以改善道路及行人接驳通道，解决现时西九龙部分路口出现的交通挤塞，应付整个西九龙新发展区及高铁总站落成后的交通需求。交通研究提出了下列的具体道路改善措施：

• 兴建连接柯士甸道西（近广东道）至连翔道（佐敦道以北）的地下行车道，把跨区道路交通与地区道路交通分隔，令西九龙文化区、高铁总站和九龙站的出入通道畅通无阻;
• 进行柯士甸道和广东道交界处改善工程，包括研究兴建广东地道下行车道及扩建现有的行人隧道系统;
• 进行其他道路改善工程，将西九龙新发展区直接连通附近的快速公路，减少对地区交通网络的负荷。