高鐵總站的主要設施將設於地底，總站設四層地下樓層，設施包括：

• 海關、出入境及檢疫設施。
• 離境等候休息室。
• 旅客抵港和離港大堂。
• 地下軌道區和9個長途月台及6個短途月台。
• 免稅區。
• 餐廳食肆。
• 停車場、上落客處及卸貨區等。

高鐵香港段總站大堂模擬圖

高鐵總站將設大型地面文娛廣場，接通高鐵總站地面樓層、九龍站、柯士甸站及西九龍文化區，為市民提供優質的公共休憩空間及舒適的步行環境。

該廣場面積約8,900平方米，以大量植物綠化，並且將人流與車流分隔，連接綠化步行區、綠化平台及樹林公園，及與西九龍文化區互相融合，為市民提供更多地面公共空間。

車站入口大堂一帶將設有綠化的休閒通道地帶，以配合大堂建築頂部的綠化部分。

高鐵香港段總站綠化廣場模擬圖

高鐵香港段總站將發展為鐵路樞紐，乘客可使用地面行人區、多條行人天橋和行人隧道，接駁港鐵九龍站及柯士甸站。預計由高鐵總站步行至九龍站約需8–10分鐘，至柯士甸站只需約2–3分鐘。這些天橋及隧道大都設有自動行人道、自動電梯和升降機，為公眾提供無障礙通道。

此外，高鐵總站北面將設有公共運輸交匯處及旅遊車停泊設施，乘客只需步行約1分鐘，即可到達供不同路綫使用的巴士站、小巴站及的士站。

從高鐵總站轉乘港鐵前往各區所需時間：

• 尖沙咀

  約 5 分鐘

• 中環

  約 10 分鐘

• 荃灣

  約 10 分鐘

• 元朗

  約 20 分鐘

• 沙田

  約 25 分鐘

• 東涌

  約 25 分鐘

• 太古城

  約 30 分鐘

• 觀塘

  約 35 分鐘

從高鐵總站轉乘路面交通前往各區所需時間：

• 觀塘、將軍澳

  15 至 20 分鐘（待中九龍幹綫落成後）

• 沙田、元朗、香港國際機場

  約30分鐘

高鐵香港段總站行人接駁通道模擬圖

當局為西九龍新發展區進行了交通研究，以改善道路及行人接駁通道，解決現時西九龍部分路口出現的交通擠塞，應付整個西九龍新發展區及高鐵總站落成後的交通需求。交通研究提出了下列的具體道路改善措施：

• 興建連接柯士甸道西（近廣東道）至連翔道（佐敦道以北）的地下行車道，把跨區道路交通與地區道路交通分隔，令西九龍文化區、高鐵總站和九龍站的出入通道暢通無阻;
• 進行柯士甸道和廣東道交界處改善工程，包括研究興建廣東道地下行車道及擴建現有的行人隧道系統;
• 進行其他道路改善工程，將西九龍新發展區直接連通附近的快速公路，減少對地區交通網絡的負荷。